Foram escolhidos, inicialmente, 20 desafios dentre os listados na plataforma Desafios.PE.
A motivação para a escolha dos desafios foram: 

1. Desafios que possuem contextos geográficos relevantes relacionados aos locais onde estão situadas unidades da UPE ou UFPE.

2. Desafios que possibilitem promover uma cobertura mais integrada alinhada AOS 17 ODS (Objetivos de Desenvolvimento Sustentável da ONU).

3. Desafios que exigem competências técnicas ensinadas em cursos de graduação das respectivas localidades, de modo contribuir com o desenvolvimento dos estudantes envolvidos com o projeto. 

Os Desafios escolhidos para o InovaRepe foram listados por órgãos públicos para demonstrar as dores passadas pela instituição. Alguns deles já tem a indicação de uma possível solução, mas outras alternativas podem ser apresentadas (desde que foquem na resolução do problema).